基因研究突破／垃圾DNA 人體運作開關

source: http://tw.news.yahoo.com/%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%A0%94%E7%A9%B6%E7%AA%81%E7%A0%B4-%E5%9E%83%E5%9C%BEdna-%E4%BA%BA%E9%AB%94%E9%81%8B%E4%BD%9C%E9%96%8B%E9%97%9C-203643174.html?_esi=1

自由時報 – 2012年9月7日 上午4:36

〔國際新聞中心／綜合報導〕四百四十二名來自三大洲三十二個實驗室的科學家，五日公布有關人類基因組計畫運作至今最完整的資料。這份被譽為「十年來基因研究最大突破」的成果，顯示基因組內高達八十％的ＤＮＡ活躍運作，且靠著數百萬個扮演開關角色的基因調控蛋白質環環相扣，影響罹病機率，大大顛覆了過去認為基因組內大部分是不活躍的「垃圾ＤＮＡ」觀念。

99％垃圾ＤＮＡ 其實超有用

二○○三年啟動的「基因解碼後續計畫」（Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE），耗資一億九千六百萬美元，目的就是要找出人類基因組內所有的功能要素。二○○七年科學家公布其中一％、也就是約兩萬一千個基因的調控蛋白質，其餘九十九％的基因因此被稱為「垃圾ＤＮＡ」，被認為無關緊要、未帶有基因資訊。

最新研究 80％ＤＮＡ活躍運作

現在，ENCODE分析完了組成人類ＤＮＡ的三十億個鹼基對，他們彙整的龐大資料，呈現基因透過調控蛋白質運作的複雜網絡，也顯示基因組有至少八十％的ＤＮＡ活躍運作，與過去科學家認為基因組絕大部分是垃圾的想法截然不同。這也形同宣告「垃圾ＤＮＡ」一詞此後作廢。

科學家同時發現，人體器官內有近四百萬個所謂的調控蛋白質，扮演類似「開關」、可影響正常與異常基因的角色，影響罹患疾病的機率，這四百萬個調控蛋白質，約有二十萬個活躍在任何特定細胞內。此一研究的三十份相關報告，五日發表在「自然」、「基因組生物學」與「基因組研究」等期刊上。

改寫教科書內容

美國麻省理工學院暨哈佛大學合設的博德研究所所長蘭德形容，之前完成人類基因定序的人類基因組計畫有如在太空中拍攝地球，讓你知道地球的位置和形狀，而最新的研究就像是「Google地圖」，告訴你地球上每條道路或餐廳的資訊。這項發現不僅將改寫教科書內容、為疾病生物學帶來全新觀點，對醫藥界來說，更提供了對抗疾病的全新路徑。例如，在攝護腺癌中，藥物無法有效攻擊重要基因的突變，但ENCODE提供了新路徑：攻擊這些控制它們的開關。

此外，有些看似毫不相干的疾病，比方說第一型糖尿病與類風濕性關節炎、狼瘡等自體免疫性疾病，竟然分享同樣的網絡，意味一種藥物或能對類似疾病產生同樣效果。華盛頓大學團隊指出，這項發現「將改變我們對疾病基因基礎的了解，也為治療開啟新路徑」。

關於數據進行編碼 的DNA元素百科全書 （ENCODE）聯盟是一個國際合作的研究小組由國家人類基因組研究所（NHGRI）資助。進行編碼的目標是要建立一個全面的零件清單人類基因組中的功能元件，包括元素作用於蛋白質和RNA水平和調控元件，控制細胞的情況下，其中一個基因是活躍的。 點擊看大圖 整個人類基因組的數據進行編碼。 所有編碼數據是免費的，可立即使用通過： 顯示曲目和下載的文件 搜索 下載的數據文件 在UCSC基因組瀏覽器的可視化（編碼數據的NHGRI標誌標記） 數據挖掘與加州大學聖克魯茲分校的表瀏覽器和其他 UCSC基因組生物信息學工具 要搜索您感興趣的領域相關的數據進行編碼，並設置了瀏覽器視圖，使用加州大學聖克魯茲分校的的的 實驗矩陣或 一首曲目搜索工具（高級功能）。實驗清單（人類）和 實驗清單（鼠標）連接提供全面的數據進行編碼，發布或準備上市。在http://genome-preview.ucsc.edu提供早期進入發行前的數據進行編碼 。如果你想通過電子郵件收到通知的編碼數據的發布和相關新聞，請訂閱 編碼-announce郵件列表。欲了解更多有關如何訪問這個數據的信息，看到的免費在線OpenHelix編碼教程。 所有的數據進行編碼是免費提供下載和分析。然而，在出版研究使用的數據進行編碼，請閱讀的編碼數據發布政策，其中有一些限制發布的數據，數據公佈後，九個月。    閱讀更多有關在加州大學聖克魯茲分校的數據進行編碼。   新聞   2012年9月5日 - 編碼結果發表在Nature，Science論文和其他雜誌 ENCODE項目的結果發表在協調組在多種刊物上發表論文30餘篇。這些出版物的跨財團的綜合分析結果，在人類基因組的一部分進行編碼映射佔地超過400萬的調控區域。協調出版集包括一個主要的綜合性紙和其他五個在“ 自然 “雜誌上的論文18篇，在 基因組研究，以及6個在基因組生物學“的論文。的編碼數據是如此複雜，這三個刊物已經開發出一種開創性的方式來呈現信息於一體的綜合形式“線程”。因為同樣的主題，以不同的方式處理不同的文件， 自然編碼的網站 ，讓讀者跟隨一個主題，通過在編碼出版組中的所有的文件。除了 ​​這些出版物，6的評論文章被發表在化學，生物和其他附屬科學論文中 ，細胞，和其他雜誌的雜誌。這個門戶網站頁面上提供的新的 綜合分析這些出版物及相關分析資源的鏈接和說明材料。 2012年8月28日公佈的數據：更新 - 編碼DNA酶I DGF華盛頓大學，杜克DNA酶I HS，廣泛的組蛋白，GIS RNA PET，SYDH TFBS，UTA TFBS DNA酶I的數字基因組足跡從編碼/華盛頓大學（第4版） 添加了10個新的實驗在8個細胞株。 開放的染色質DNA酶I HS編碼/ OpenChrom的（杜克大學）（第3版）：新增27個新的實驗，包括18個新的細胞系。 組蛋白修飾ChIP-seq的編碼/ Broad研究所（第3版）：新增83個新的實驗，其中包括6個新的細胞系和25個新的抗體。 RNA的亞細胞定位的配對末端雙標籤序列編碼/ GIS（第2版）：增加4個額外的細胞株（A549肺癌，神經母細胞瘤SK-N-SH，IMR90肺成纖維細胞，MCF-7乳腺癌的數據） 。 ChIP-seq的轉錄因子結合位點編碼/斯坦福/耶魯大學/ USC /哈佛大學（第3版）：新增37個新的實驗，包括1新的細胞株（SK-N-SH神經母細胞瘤）和7個新抗體。 開放的染色質TFBS ChIP-seq的編碼/開啟CHROM（德州大學奧斯汀分校）（第2版）：增加34個新的實驗，包括17個新的細胞系。 2012年8月21日-鼠標編碼數據發布： 從賓夕法尼亞州立大學，DNA酶I HS組蛋白ChIP-seq的從賓夕法尼亞州立大學和斯坦福大學（第2版）/耶魯大學（第2版），TFBS ChIP-seq的斯坦福大學/耶魯大學（相對4），和Penn國家（第2版）。 閱讀更多。 名單更新時間：2012年8月9日-實驗 的編碼DCC已經更新了詳細編碼提交的電子表格，以反映數據狀態的編碼Y5Q3（七月一日）的時間表。   使用條款 序列和註釋的基因組瀏覽器中顯示的數據是免費提供給學術，非營利組織和個人使用下列條件： 所涵蓋的數據進行編碼的編碼協會數據發布政策。 UCSC基因組瀏覽器使用的一般條件。